مجموعه‌ی نظام مدیریت مدرسه از زوایای مختلف به نقش دست‌اندرکاران امر تربیت در مدرسه می‌پردازد و به وظایفی که هر یک در ارتباط و هماهنگی با دیگران دارند و نقشه‌ی راه اقدامات هماهنگ برای پیاده‌سازی نظام یک‌پارچه در مدرسه توجّه می‌کند. از این مجموعه، ویرایش کتاب «نظام موضوعات مدرسه‌ای» به همراه سه اثر جدید به چاپ رسیده است: «وظایف سازمانی در مدارس و مجتمع‌های آموزشی (مبتنی بر نظام معلم راهنمایی)»، «پیاده‌سازی اهداف تربیتی در مدرسه» و «تربیت جنسی در مدرسه (مجموعه اقدامات با رویکرد تربیت دینی)».

نخستین کتاب حاصل چند جلسه مشترک بین کارشناسان موسسه متن و برخی مدارس اسلامی است تا مشخص شود که این مدارس برای میدان عمل خود، چه قلمرویی را تعیین کرده‌اند و نسبت به چه حوزه‌هایی از تعلیم و تربیت، خود را مسئول می‌دانند. در دومین کتاب به ساختار مدرسه و شرح وظایف بخش‌های مهم اشاره شده است. این کتاب بر اساس دو موقعیت مهم موجود در این مدارس، یعنی جایگاه معلم راهنما به عنوان گرانیگاه تربیت و همچنین جایگاه شوراهای مدرسه به عنوان مسیرهای تصمیم‌سازی و استفاده از خرد جمعی در اداره مدرسه نگاشته شده است.

در سومین کتاب، به نحوه انتخاب اهداف سالیانه براساس اهداف تفصیلی مقاطع تحصیلی، روش‌های تحلیل روند و مراحل و مشکلات پیاده‌سازی اهداف تربیتی پرداخته شده است و به عنوان نمونه یکی از برنامه‌های تربیتی مورد تحلیل قرار گرفته است. کتاب چهارم، راه‌حلی برای طبقه‌بندی اقدامات مربیان در زمینه تربیت جنسی در مدارس اسلامی ‌است که با استفاده از تجارب این مدارس گردآوری و تنظیم شده و با یادداشتی از دکتر علی‌اصغر احمدی در مورد رویکردها و عوامل تاثیر گذار بر تربیت جنسی همراه گردیده است.